如果肛瘘不严重，可以先选择保守治疗，但是效果不佳病情反复发作，肛瘘在人体内和体外应有两个互相贯通的管道，体内向体外排出脓汁、分泌物等，情况较为严重的人，还是尽快手术治疗。
主要是要把内口，瘘管以及外面的脓腔清理干净。一般的做法是准备一根银丝探针，把探针从瘘管的外口向里探进去，循着瘘管的走行方向，最终由内口穿出来。然后在探针的尾端系一根橡皮筋。
肛瘘的手术在2-3周左右基本恢复，这样的手术是比较小的手术，不用过分担心，主要还是需要看恢复，以及自身身体体质问题。平时避免吃辛辣的食物，避免喝酒，避免久坐，保持大便通畅，注意休息避免劳累。避免大便干燥。
肛瘘的手术在2-3周左右基本恢复，这样的手术是比较小的手术，不用过分担心，主要还是需要看恢复，以及自身身体体质问题。平时避免吃辛辣的食物，避免喝酒，避免久坐，保持大便通畅，注意休息避免劳累。避免大便干燥。
肛瘘手术失败后，表现为，局部肛门外缘的瘘口，或者是伤口久不愈，里面形成内口。主要表现为肛缘的瘘口，分泌物，反复的肿胀，局部肿胀，可能伴有一些热痛等不适，考虑肛瘘复发，或者是手术失败。考虑是手术过程中并没有完全清除，或者是切除瘘口漏洞，或者是术后护理没有护理妥当。
