治疗儿童肛周脓肿有许多方法。症状轻微的病人可通过局部应用一些相关的药膏进行治疗，也可以服用一些相关的药物进行治疗，如果保守治疗效果不明显，应及时去医院进行手术治疗。给孩子多吃蔬菜，以保持大便通畅。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
脓肿形成早期，可采用抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等。脓肿一旦形成，即行切开引流。脓肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。治疗时需要去正规大医院。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
肛周脓肿初起未成脓者，可用凉血解毒、清热利湿的中药内服。也可配用一定的抗生素，以促使其消散。若已成脓者，则宜早期切开排脓，以防炎症侵及肛门直肠周围间隙和疏松组织，形成范围较大的脓腔。
肛周脓肿最主要的症状是疼痛，这种疼痛会非常剧烈，且逐渐加重，会吃不下，睡不着。脓肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。发热，还会出现大小便不畅、食欲缺乏、失眠。方法只有手术，且越早越好。在无条件或身体条件不允许手术的情况下可以选择药物治疗。
