如果是单纯性肛瘘，瘘管较直，手术较为简单，直接将瘘管切开即可，手术时间约5-10分钟。如果瘘管弯曲，内口较多，为复杂性肛瘘，多需沿内口切除肛瘘，沿肛瘘管道寻至内口，手术较为复杂。
根据瘘管和括约肌的关系，一般分为高位肛瘘，低位肛瘘，简单性肛瘘和复杂性肛瘘。一般低位简单性肛瘘，术后愈合时间相对快一些，大约三周左右。高位复杂性肛瘘手术需要采取挂线术，创面比较大，愈合相对缓慢，大约需要30-40天左右。
10天-15天可以治愈，冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。
肛瘘只能通过手术治疗，因为保守治疗不能完全治得好。大多数肛瘘需要在腰硬联合麻醉下进行肛瘘切除术或拉丝手术。其中大多数可以在手术后治得好，但不排除复杂性肛瘘的可能性。复杂性肛瘘，很难完全治的好。手术后外阴应该清洗并保持干燥。
术后会感觉到肛周疼痛。因为肛周皮肤是齿状线下方，属于体神经支配的区域，对疼痛刺激敏感，通常是可以忍受的。可以选择应用温盐水坐浴的办法，能够缓解疼痛，手术以后也应该积极进行静脉抗感染治疗。
