进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
可以通过验血，通常不需要绝对禁食，任何时间段都可以检查，一般验血乙肝全套都可以。通常有五个项目。目前，有六个项目在临床实践中很常见。可以检查一整套乙型肝炎病毒来确定是否存在乙型肝炎病毒感染。乙型肝炎表面抗原阳性可用于确认乙型肝炎病毒感染。
检查头部一般是做头部的影像学检查和电生理方面的检查，根据患者的病情不同而选择不同的检查方案。如患者出现头痛，头晕，肢体麻木、无力，可以做头部的CT、磁共振以及脑造影检查。
检查的方法是:禁食水8-10个小时，清晨先抽取静脉血查空腹血糖，然后75克葡萄糖稀释成300ml，在5分钟内喝完，服糖后1个小时及两小时查血糖。正常情况下，空腹以及服糖后1小时、2小时的血糖值分别低5.1mmol/L、10.0mmol/L、8.5mmol/L。任何一点血糖值达到或超过上述标准，即可以诊断为妊娠期糖尿病。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
