卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位导致的，是良性的，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变，卵巢巧克力囊肿主要表现是痛经，所以应及时进行手术治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢内周期性出血形成的，一般没有良恶性之分。但是巧克力囊肿是会有发生破解以及恶变的可能，所以及早发现，尽早治疗。必要时，需通过手术切除治疗。
巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
可以根据自身出现的症状判断，发生卵巢囊肿多表现有小腹疼痛、小腹不适、白带增多、白带色黄、白带异味、月经失常，而且通常小腹内有一个坚实而无痛的肿块。以前不痛经者开始痛经或痛经持续加重。
良性巧克力囊肿是指囊肿直径小于等于3厘米。良性巧克力囊肿并无明显症状。每个人病情的严重情况不一样，有些病人在良性巧克力囊肿的时候会出现不孕，月经失调，痛经等症状，但有些病人却并不会出现症状。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
