先采用保守治疗，多食粗制主食或富含食物纤维的水果蔬菜；多饮水每日总量达2000～3000ml；多活动。通过以上治疗，一般症状均有不同程度改善，经过3个月正规非手术疗效治疗症状无好转、疗效不明显者可考虑手术治疗。
直肠粘膜脱垂可以选择保守治疗和手术进行治疗，能治好。其中保守治疗主要是选择硬化剂注射，常用的有盐酸奎宁尿素，将硬化剂注射到脱垂部位的黏膜下层，进而产生粘连。
得了直肠粘膜脱垂，如果症状比较轻微，可以通过吃药来治疗。可以吃些益气的药物，这样可以增加盆底肌肉力量，帮助固定直肠。如果症状严重，则需要通过手术来治疗。可以做注射手术，将硬化剂注射到黏膜下层，使直肠黏膜与肌层粘连固定。也可以做切除手术。要用哪种手术方法要由病人与医生商量决定。
直肠粘膜内脱垂常见的是由于便秘导致的，可以通过用药以及手术等方式进行治疗，多吃一些新鲜的水果和蔬菜，避免熬夜，避免食用辛辣刺激性的食物，可以多吃一些香蕉等食物。
直肠粘膜内脱垂不能够自己好。在早期的时候，可以采取保守治疗，多注意饮食，多吃新鲜的青菜水果，尽量保持大便通畅，可第一防止直肠粘膜脱垂进一步的加重。也可以在指导下采取排粪造影检查。
直肠脱垂多发生于儿童和中老年女性。儿童直肠脱垂多为黏膜脱垂，通常5岁前可自愈。成人完全性直肠脱垂并不多见，如直肠反复脱出可导致阴部神经损伤产生肛门失禁，并有引发直肠溃疡、出血、狭窄和坏死的危险，需手术治疗。
