毛囊炎的治疗要因病施治，因为毛囊炎的原因，包括细菌、真菌以及刺激，还有原因不明等。对于细菌性的毛囊炎，主要以抗生素软膏为主，对于真菌性的毛囊炎，以抗真菌药物为主。
毛囊炎发病在头皮，严重的会导致脱发，反复发作形成慢性毛囊炎，毛囊炎发生在颈部，皮损会出现乳头状增生或者形成瘢痕硬结，不容易治疗，严重的会出现发热、头疼、淋巴肿大等症状。毛囊炎给病人的外貌造成影响，比如发生在头部、脸部、脖子、四肢等部位，给病人带来很大的影响。去医院就诊，尽快康复。因为头皮毛囊炎是毛囊炎中较为常见的，发作部位的毛发较多，痊愈较缓慢。
毛囊炎的治疗可以通过药物治疗，需要治疗一周左右的时间。也可试用紫外线照射杀菌治疗。平时注意皮肤卫生，加强身体锻炼，增进皮肤的抵抗力。对于皮肤病，尤其是瘙痒性皮肤病，应及时进行合理治疗。防治皮肤损伤，避免搔抓及皮肤摩擦等刺激，多吃含维生素A、维生素B2的食物如金针菜、韭菜、胡萝卜、菠菜等。
禁止抓挠，在患毛囊炎时，抓挠是毛囊炎继发感染的主要原因，切忌抓挠，如果晚上睡觉时不自觉抓挠的人，可以睡前戴个手套，这样抓挠，不会致使手指甲抓破皮肤。作息不规律也会妨碍毛囊炎的治疗，患病期间要按时作息，不要熬夜。
毛囊炎是在皮肤上，属于皮肤炎症性疾病，需要挂皮肤科。常见的因为前胸，后背等部位油脂分泌比较多，堵塞毛孔，容易细菌感染，另外马拉色菌在油脂分泌比较多的情况下，它会增殖，致病，导致马拉色菌性毛囊炎，需要抗真菌治疗。有一部分身体出现毛囊炎，包括躯干，四肢，尤其是中老年人，这个时候应该排除糖尿病的情况或者口腔、外阴的溃疡，并且排除一下白塞氏病的情况。
