肾囊肿是否会引起腰疼，要看囊肿的部位、大小和数量。囊肿直径小于五厘米的情况不会有任何感觉和不适。若囊肿直径比较大，会产生疼痛，如是合并感染，会因为感染出现发热胀痛的情况。
肾囊肿可以由很多原因引起，先天遗传因素是肾囊肿最常见的原因之一，基因突变也是引起肾囊肿的发病原因之一，各种中毒对肾脏的损伤，例如常见的毒物有农药、化学制剂、放射线、污染等都会引起肾囊肿。具体原因可以到医院进行检查。
一般情况下，肾结石引起的炎症不会造成肾囊肿。具体分析如下：
通常来讲，肾结石引起炎症后，形成的临床后果以肾积水为主。而肾积水和肾囊肿存在明显区别。泌尿系统的梗阻、狭窄、畸形等是造成肾积水的主要原因，使肾脏产生的尿液不能够通过输尿管排出体外。而肾囊肿主要是由于肾实质所分泌的液体不能够被及时的吸收，在肾实质的局部形成潴留造成的。对于这两种不同病症，其治疗方式和治疗策略也会有明显区别。
肾囊肿如果较大，比较明显的压迫肾实质导致肾实质变薄，或者可能与肾盂接触导致肾盂、肾盏受压，可能会引起尿蛋白，也就是蛋白尿，但患者还需要去肾内科积极就诊，以排除其它疾病导致的蛋白尿，如肾病综合征或者肾炎综合征也会引起尿蛋白，但患者应该明确是否存在血尿、蛋白尿、高血压、水肿或者高脂血症。
肾囊肿一般多见于先天形成。没有明显的异常原因，有可能是与结石及遗传和感染等因素有些关系。如果是有疼痛的情况还是要考虑手术治疗处理才好，药物治疗效果是不太好的，因此主要治疗手段是手术切除囊肿，中小手术，不会有危险性很高的。
肾囊肿是成年人肾脏最常见的一种结构异常，可以为单侧或双侧，一个或多个，直径一般2cm左右，也有直径达10cm的囊肿，多发于男性。出现的腰部疼痛，可能和肾囊肿有直接的关系。如果囊肿较小，一般不需做什么特殊的治疗，如果肾囊肿超过5厘米，甚至是10厘米，对局部产生压迫症状，应该进行硬化或手术治疗。
