射频消融术的危害有，如果肿瘤临近血管，可能会导致血管损伤。还有周围脏器损伤，神经损伤，内脏器官由迷走神经支配，B超或CT无法明确神经位置，术中易出现神经损伤，也可能会发热等。
大概一周左右，合并严重心肺疾病、肝功能不全者，恢复时间相对较长。较大肿瘤经过消融后，肝功能恢复时间适当延长如周围正常脏器损伤、治疗过程中出血，一旦出现这种情况，患者恢复期相对延长。射频消融术后3-5天进行复查，包括肝脏功能检查，凝血状态，超声检查，如果无异，通常治疗周期大概在一周左右可以恢复。
颈椎消融主要的危害有在手术的过程中器械容易碰到颈髓，会产生神经损伤的症状，比如肢体的麻木，甚至于瘫痪都有可能。另外就是颈椎消融，并不是将间盘摘除，所以日后如果劳力或是接触潮湿寒冷的环境，也有复发的可能性。
一般来说，在射频消融术中，如果要进行股静脉穿刺，至少要卧床12个小时以上。
如果是股动脉穿刺，则要在床上躺24个小时，这段时间上肢可以活动，下肢穿刺部位不能活动，下床后一周内不能做剧烈的运动。股静动脉是一条较大的血管，有可能会发生出血和水肿，因此在术后卧床的时候一定要注意，饮食流质食物，避免引起便秘。
有些射频消融是经皮经肝穿刺进行，有些是开腹下进行。腹腔内行射频消融一般到位，并发症相对比较少，行皮经肝穿刺最常见的包括出血，如果穿刺了胆管可以造成胆漏，患者易感染，但是两种射频消融方式都可能会出现肿瘤播散以及加速病情的进展。
射频消融手术用于治疗心房纤颤，一般情况下并不加重房颤，发生此种病症，患者不用过于担心。应积极手术治疗才能取得良好疗效，还要定期复查查心电图或全天候动态心电图。
如果在采取射频消融手术后，仍然有房颤的情况，考虑是手术效果不好，手术不成功导致的，建议及时采取检查，明确病因后插旗其他治疗方式，控制房颤，治疗疾病。
