畸形精子形态指数和精子畸形指数是没有区别的。精子畸形是会影响到患者受孕的。畸形精子过高会引起不孕或是受孕后发生流产胎停育等，引起畸形精子症的原因有泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等，均可导致畸形精子增加。
一般情况下，精子形态正常率低于4%属于不正常现象，具体情况分析如下：
精子畸形率过高，正常情况下精子畸形率在15%以下，精子畸形率过高会影响女性受孕，从而导致不孕。如果是长期接触放射线、电焊等导致精子畸形的具体原因，应该及时调换工作，修养一段时间再做检查。同时要注意饮食清淡，多吃富含维生素c的蔬菜水果，避免饮酒。
在精子形态检测中，衡量精子形态是否正常需要通过对精子头部、颈部和中段、尾部、胞浆小滴等部位许多多指标（总共达20多个指标）进行检测并测量，完全达到指标准才能认定为正常形态的精子。
有的弱精症疾病会出现腰膝酸软的症状的，还会出现，怕寒怕冷的症状的，有的弱精症疾病还会出现小腹部疼痛的症状的，还会出现会阴部位的，不同程度的疼痛感觉症状的。男性精子畸形的比例偏高，因此会直接影响到女性的生育问题，以及不育的发生，而造成畸形的原因常见于输精管曲张，前列腺炎，睾丸炎等。
精子形态不正常主要跟生活环境例如高温、污染，生活作息习惯，如吸烟、饮酒、熬夜、不洁的同房性生活以及免疫力低、内分泌失调有关。如果男性是因为殖道出现了感染，而导致精子出现畸形，那么这个时候男性应该进行抗炎医治，如果是因为男性的内分泌出现了不正常，导致自己出现畸形精子。