肠镜的做法分为无痛肠镜和普通肠镜，这两种做法有轻微的差别，也有相同的地方。其中普通肠镜的做法，需要在行肠镜检查的前一天，口服泻药，清洁肠道，使在行肠镜检查前肠道已经排空，然后在行肠镜检查前使用局部麻醉药物，后润滑肠道，将肠镜从肛门进入消化系统小肠末端，然后往外慢慢退镜，查看有无肠道疾病。
肠镜检查是诊断胃肠道疾病的一种常用检查方法，检查者要脱去下身衣服，大多采取膀胱截石位或者是膝胸位，医生把肠镜从肛门插入肠道进行检查。平时注意生活和饮食习惯，不食辛辣刺激，不熬夜，不喝酒等。
胶囊镜主要作用是观察肠道内壁粘膜是否有溃疡，出血，息肉、炎症等疾病。大小和胶囊差不多，从口腔进入，沿着消化道到胃，到十二指肠再到腹部肠腔，24小时之内会从肛门排出，做胶囊镜也是需要空腹的。检查期间避免剧烈运动及进入强磁场区域，以防图像信号受到干扰。
胃肠镜检查是按以下步骤进行的。
胃镜检查之前需要禁食八个小时，以保证胃里无食物，便于观察。还需要做相关的检查，包括心电图包括乙肝，丙肝以及相关的传染病的检查，这样做的目的就是避免出现心血管意外，以及出现镜子之间的交叉传染而做肠镜，肠道清洗干净之后，然后才可以做。
在用药期间清淡饮食，避免吃辛辣刺激性的食物以及寒凉、生冷、不易消化的食物等。
是利用一条常约20厘米的直管，末端装有微型电子摄影机，由肛门缓慢进入直肠后，对肠道进行检查，并且必要时可以做病理活检，其对于直肠溃疡病变及直肠肿瘤的诊断及治疗具有重要的意义。在做直肠镜检查前，需要进行排便，保持直肠的空虚。如果患者出现不明原因的下消化道出血、慢性腹泻、低位肠梗阻、大肠息肉等情况时，建议做直肠镜检查以明确诊断。
