巧克力囊肿手术费用大约5千元-7千元。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，所以对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗。
具有生长功能的子宫内膜组织，包括腺体及间质出现在卵巢上，就称之为卵巢巧克力囊肿，通常是由于子宫过度后屈，子宫颈管狭窄，以及月经期间同房而导致经血逆流形成，会引起进行性的痛经以及不孕。西医治疗巧克力囊肿，通常采取手术进行直接切除，而中医则根据患者的具体来进行辨证论治，可以使用血府逐瘀汤和少腹逐瘀汤，以及四妙散来进行加减调理治疗。
可以的，巧克力囊肿（巧囊）是子宫内膜异位症的一种。目前治疗内膜异位症的药物，在服药期间病人一般月经停止来潮，痛经的症状可以得到缓解。药物也可以抑制异位子宫内膜的生长。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
