畸形精子形态指数和精子畸形指数是没有区别的。精子畸形是会影响到患者受孕的。畸形精子过高会引起不孕或是受孕后发生流产胎停育等，引起畸形精子症的原因有泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等，均可导致畸形精子增加。
有的弱精症疾病会出现腰膝酸软的症状的，还会出现，怕寒怕冷的症状的，有的弱精症疾病还会出现小腹部疼痛的症状的，还会出现会阴部位的，不同程度的疼痛感觉症状的。男性精子畸形的比例偏高，因此会直接影响到女性的生育问题，以及不育的发生，而造成畸形的原因常见于输精管曲张，前列腺炎，睾丸炎等。
一般情况下，精子形态正常率低于4%属于不正常现象，具体情况分析如下：
精子畸形率过高，正常情况下精子畸形率在15%以下，精子畸形率过高会影响女性受孕，从而导致不孕。如果是长期接触放射线、电焊等导致精子畸形的具体原因，应该及时调换工作，修养一段时间再做检查。同时要注意饮食清淡，多吃富含维生素c的蔬菜水果，避免饮酒。
精子畸形率高要查染色体的。精子畸形率高是导致男性不育症的原因之一。导致精子畸形高的原因有很多，每个人的病情和症状是不一样的，在治疗精子畸形的时候要对症治疗，针对不同的病因、不同的个体进行治疗，才能达到治疗的目的。
正常的精子畸形率为40%以内高于40%可以判断为精子畸形率高精子畸形是男性严重的疾病之一会引发少精、弱精、精子不液化等男性不育一旦发现病情要及时重视和治疗。个人的情况都不相同，因此，只有经过正规专业的不孕症专科医院检查才能确定具体的治疗方法。
在精子形态检测中，衡量精子形态是否正常需要通过对精子头部、颈部和中段、尾部、胞浆小滴等部位许多多指标（总共达20多个指标）进行检测并测量，完全达到指标准才能认定为正常形态的精子。