通常情况下，有宫颈囊肿可以通过药物、物理治疗、手术等进行治疗。
宫颈囊肿不大，也没有白带量增多、异味等，一般不需要进行治疗，要定期去医院做一次检查。如果宫颈囊肿数量较多，伴有白带量增多、有异味、外阴瘙痒等，可用消糜栓、苦参凝胶等治疗。药物治疗无效的，也可以选择利普刀、微波等物理治疗。另外对于囊肿体积较大的病人，可以进行外科手术治疗。
宫颈囊肿是不需要处理的，因为宫颈囊肿是慢性炎症刺激宫颈，柱状上皮重新生长的过程中，堵塞腺体的开口，导致分泌物排不出去，阻塞在腺体里面引起的囊肿，是慢性宫颈炎的一种类型，所以不需要处理，定期观察就可以了。如果有多发的宫颈囊肿，可以去做阴道镜，在阴道镜下进行病理活检，如果没有合并上皮内瘤变等情况，是不需要处理的，观察就可以了。
宫颈囊肿最重要的临床治疗是手术切除。具体致病因素尚不十分清楚。与个体免疫力低下、刺激外部化学环境的慢性炎症和刺激激素代谢直接相关。目前还不确定是哪个固定因素引起的，应该考虑病人的身体状况以及病情来进行治疗。
用抗炎类的药物进行治疗。而对于那些经常反复出现炎症等原因引起的宫颈囊肿的女性，应当进行相应的手术治疗。平时的时候，也需要注意个人的卫生。在宫颈囊肿的治疗方法之中，心理治疗对于疾病治疗是很重要的。
宫颈囊肿属于慢性宫颈炎的一种。是由于长期慢性炎症刺激引起的宫颈腺管堵塞。建议如果现在宫颈囊肿比较小的话，可以暂时观察。如果宫颈囊肿比较大的话，就需要做宫颈囊肿剔除术。术后注意外阴卫生，一个月内禁止同房。
如果是生理性的卵巢囊肿，不吃药也能够消除。如果是子宫内膜异位到卵巢上，形成的卵巢巧克力囊肿，或者是体内雌孕激素刺激而引起的普通囊肿，都没办法通过吃药将其消除。通常都只有等到囊肿大于五公分以上，行腹腔镜手术来进行治疗。
