一般情况下，肠道功能紊乱的治疗方法有药物治疗、生活护理来改善，具体内容如下：
出现腹胀、便秘、腹痛、腹泻、呕吐、恶心、反酸等情况时，可以使用胃肠的动力性药物，如莫沙必利、多潘立酮等，促进胃肠的运动。口服甲氧氯普胺能起到一定的抑制肠道蠕动的作用，如果出现严重的腹泻症状，可以口服药用次碳酸铋、黄连素片等。还可以调整肠道菌群，例如地衣芽孢杆菌、双歧杆菌、乳酸菌素片等。
保守治疗：适用于早期、病情轻微的患者，通过调整精神、免疫因素，避免偏侧咀嚼，配合理疗、红外线、封闭治疗，多数患者病情可得到改善；治疗费用相对较低。手术治疗：关节结构已发生破坏时，多采用手术治疗方案，费用相对较高。
去除诱发因素，如精神刺激、紧张、过劳、浓茶、咖啡等。改善环境，减少刺激；平时要培养合理健康的饮食习惯，平衡营养膳食；尽量多进行一些户外活动，多参加体育锻；培养良好的生活习惯。早睡早起，生活要有规律。自我调整心态、放松精神。要保持良好情绪，良好的情绪有利于神经系统与各器官、系统的协调统一，使机体的生理代谢处于比较好状态。症状严重时，可进行专业心理干预治疗，提高自己的心理应对能力。
消化系统的功能是摄取和提供营养，以及排泄废物。具体内容如下：
消化系统是人体九大体系中的一部分，包括消化道和消化腺，其作用是为机体提供水、电解质及多种营养素，以适应机体的代谢需求。消化器官的主要生理作用是摄取和提供营养，以及排泄废物。消化系统也可以分成机械和化学两类，这两类在体内的作用是协同作用的，帮助消化道中的养分被分解，从而达到最佳的吸收状态。
胃肠功能失调是一种广泛的疾病，需要针对病因进行针对性的治疗。如果是胃粘膜糜烂、消化性溃疡等，可以服用达喜、硫糖铝、莫沙比利、西沙必利等胃粘膜保护药物。但如果是幽门螺旋杆菌感染，出现胃疼、胃胀等症状时，可以服用奥美拉唑、阿奇霉素等。如没有发生呛咳等不适,可以食用流质、半流质的易消化食物。如面条、小米粥等，可以更快的消化。
治疗肠功能紊乱的药较多，具体如下：
钙离子拮抗剂、舒丽启能、西沙必利、莫沙必利、盐酸伊托必利等药物都可以治疗肠功能紊乱。需要注意的是，引起肠功能紊乱的原因较多，建议患者在进行系统检查后，在医生的指导下对症治疗。
在治疗期间，注意休息，保证良好的睡眠，适当进行体育锻炼，避免过度劳累，注意饮食健康，多吃水果蔬菜，补充维生素，保证营养。
