穿刺过程当中，病人出现疼痛，虽然是在麻醉支持之下，但是病人在整个过程当中都是有感觉的。也容易出现穿刺所导致的副损伤，常见的是出现皮下血管或者神经损伤，严重的还会出现血肿形成。
如果诊断和治疗的需要，是可以做淋巴结活检穿刺的，一般不会有太大危害，但需要避免如感染等问题的发生。如果病毒性的，要积极抗病毒治疗。如果是细菌性的，就要选用针对性的敏感抗生素。治疗规范很重要，免得延误病情。
通常来说，肝穿刺活检的危害有导致出血、误诊、加重疾病等。
1、出血：肝穿刺活检可能导致患者穿刺点出血、腹腔内的出血，引起肝脏损伤、肝内感染、腹腔感染。
2、误诊：肝穿刺活检可能无法明确其具体的病理，取样的组织过少可能出现误诊情况。
3、加重疾病：肝穿刺活检容易造成肿瘤破裂、转移的可能，导致肿瘤通过针道的转移。
乳腺穿刺的危害主要是由于乳腺穿刺是一种有创伤性的操作，可以对乳腺造成组织损伤，给患人带来一定的心理恐惧。从理论上讲，乳腺穿刺可能会造成恶性肿瘤的穿刺针道转移，或者引起穿刺位置出血、感染。
会因为穿刺导致针道的感染和播散。穿刺手术实际上是一种微创手术。该项检查对于身体健康的危害并不是很大，基本上可忽略不计。细针甲状腺穿刺活检，主要是用于鉴别甲状腺结节的良恶性。这种操作并没有很大的风险和危险。
做了肾穿刺的危害有穿刺后约80～90%有镜下血尿，肉眼血尿的发生率因穿刺针损伤程度而异，约5～50%。血尿在1～5天内自行消失。腰痛，肾穿刺术后，多数病人有同侧腰痛或不适感，约3～5天自行消失。感染，穿刺术后感染不是很多见，多因消毒不严或原有肾感染在穿刺后细菌扩散所致。
