先天性肛门闭锁是比较常见的先天性消化道畸形，出生后无胎粪排出，一把需要手术治疗。手术方式可根据具体情况而定，手术需及早进行，可进行会阴肛门成形术，也可考虑先在腹部作人工肛门，然后再进行直肠肛门吻合。
一经诊断，根据情况选择行手术治疗。如会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，或低位锁肛：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可治愈。因为孩子的年龄比较小，所以在手术之前一定要做详细的检查。
先天性肛门闭锁主要的原因就是胚胎发育的时候出现的发育异常引起的，必须手术治疗。一般采用会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或是高位锁肛：是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。手术后通过静脉营养恢复肠道功能，给予肠内营养，预防感染。
新生儿肛门闭锁，手术前需要禁食一天，一般可采用腹腔镜肛门成形术：通过腹腔镜在微创情况下，建立一条隧道，将直肠在会阴部做吻合，是最佳手术方式，很少发生大便失禁。或腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。
目前治疗的方法有很多种，可进行会阴肛门成形术，也可考虑先在腹部作人工肛门，然后再进行直肠肛门吻合。先天性肛门闭锁又称低位肛门直肠闭锁，由于原始肛发育异常，未形成肛管，致使直肠与外界不通。在中医学中称为肛门闭合。肛门闭锁属于中位畸形，临床常见。
患有肛门闭锁术应该及时通过服用促进胃肠道蠕动的药物，排出体内毒素，同时定期去医院进行清理人工造的瘘道，预防出现继发细菌感染等并发症。适当的进行一些运动，也可以促进胃肠道蠕动，促进这些代谢产物排出体外。
