小儿肺脓肿的治疗方法有一般治疗、药物治疗、手术治疗等。
1.一般治疗：小儿肺脓肿需要注意休息和营养，加强支持疗法，也可以通过供氧、祛痰、体位引流等方法进行处理。
2.药物治疗：小儿肺脓肿的治疗方法有药物治疗，通常可以按医嘱使用青霉素、头孢菌素、万古霉素、亚胺培南西司他丁钠等药物。
3.手术治疗：如果有反复感染、大咯血等情况，小儿肺脓肿应考虑进行手术，以切除肺段或者肺叶。
治疗肺囊肿西药主要有青霉素、头孢曲松等抗生素。中医也能起到标本兼治的效果，通常都是使用疏风润肺，清热解毒的药物。常用的药物有金银花、薄荷、连翘、甘草等，具有化痰止咳、胸痛化淤的功效。在中度和溃脓期，咳嗽多痰，痰液粘稠，可以服用清热解毒，化痰排脓等中药。在恢复期可以选择一些具有清热养阴，益气补肺等中药进行治疗。
肺脓肿得治疗15天到20天。具体时间也需要结合病情的轻重程度以及个人的体质决定。出现肺脓肿之后，在早期要在医生指导下及时选择抗感染的方式进行改善，通常病程的时间很短，大概20天左右能够治愈。如果患者没有及时治疗，可能导致病情越来越严重，因此需要选择抗生素类的药物进行改善，整个病情可能会超过20天。也可能会成为慢性肺囊肿。
治疗肺脓肿的药物主要有青霉素类药物和大环内酯类药物。肺脓肿确诊后要及时进行治疗，首先要用抗生素进行积极的治疗，抗生素要覆盖厌氧菌，比如青霉素、甲硝唑、奥硝唑、克林霉素、林可霉素等，另外还要加强痰培养的检查，可以根据药敏试验更换抗生素。其次要重视痰液的引流，主要有体位引流和化痰的药物，氨溴索、桉柠檬碱、乙酰半胱氨酸等。如果出现高热症状，可以口服一些解热止痛的药物，比如美林、洛索洛芬钠、阿司匹林等。如果病人有休克症状，应进行静脉输液，并应用血管活性药物。
血源性肺脓肿是由于皮肤受到外伤感染或痈疖感染，而引起的内毒血症。脓毒血症栓会通过血液传播至肺部，使两肺出现炎症、坏死以及脓腔。血源性肺脓肿大多是金黄色葡萄球菌，合并成脓毒血症，因此治疗应选择抗菌治疗。在选择敏感的抗生素治疗时，应留取痰液，血液作为标本培养，以此进行抗生素的治疗。在当前治疗血源性肺脓肿，选择抗生素通常效果会比较。
