治疗时间一般在三年左右，口腔苔藓的发生主要和精神状态压力过大，内分泌功能紊乱有关，对于扁平红苔藓需要及时的应用激素类药物进行治疗，如果不得不到及时的治疗，有可能会发生癌症变的危险。可以吃口服药来改善缓解症状，在平常的时候养成良好的饮食卫生习惯，多吃蔬菜水果，不要吃口味较辣刺激的食物。
如果局部症状比较明显就需要在进行药物治疗，可以局部用药，也可以全身用药。另外全身用药主要是应用免疫类药物，虽然扁平苔藓的病因并不明确，但免疫因素还是有很大的原因，所以对于口腔扁平苔藓应该尽早来治疗。
口腔部位有扁平苔藓是由于真菌性的感染导致的症状，需要及时对症的使用抗真菌的药物来治疗，平时需要注意口腔部位清洁卫生，饮食上注意调养，不要吃生冷辛辣刺激性的食物。
口腔扁平苔藓可以通过冷冻治疗。伴有不同程度粘膜红斑充血，发生于苔藓斑纹中间或周围，界限一般清晰，表明病情处于活动期。即病情活动期，粘膜轻度发红，界限清晰。可波及整个粘膜，而白色病损反而轻微，有时需仔细辨认才能分辨出，可发生于颊、唇部。
没有特效药，口腔扁平苔藓的病因通常不清楚。人们普遍认为它是一种身体和精神疾病，即一种与精神有关的疾病，因为它容易使女性病人更年期。也有一些相关的研究，例如，它被认为与某些细菌的感染或其他疾病如肝炎和甲状腺炎有关。
