引起唇腭裂的原因当属遗传因素，唇腭裂患者其直系亲属或旁系亲属中有类似畸形发生。同时环境因素也是引起先天性唇腭裂的原因，营养因素：营养因素也是一种比较严重的原因，很多孕妇在怀孕期间会出现呕吐的情况，之后会有不同程度厌食的情况，这时胎儿摄入的营养是不足的，所以造成维生素缺乏，在动物实验中，用缺乏维生素A、E的食物喂养怀孕小白鼠时，出生的幼鼠常有唇腭裂发生。
一般在4到6周，胎儿的面部逐渐发育的时候形成的，兔唇是一种先天性遗传病。如果在直系亲属和胎儿的相关家庭成员中有兔唇病人，可能导致胎儿患上这种疾病。此外，环境因素也是兔唇形成的重要原因之一。怀孕期间，如果孕妇有药物过敏、病毒感染、厌食、吸烟和被动吸烟、饮酒等引起的维生素C缺乏，胎儿可能患兔唇病。
宝宝腭裂形成的原因有很多，有遗传因素，部分患儿直系或旁系亲属中有类似畸形发生。大约有20%左右唇腭裂患儿可查询出有遗传史。感染和损伤，怀孕2个月左右，如果母亲感染过病毒，如流感、风疹或受过某种损伤，这都有可能成为唇腭裂的致病原因。
胎儿唇腭裂形成时期主要是怀孕头3个月，这段时间是非常重要的，如果孕妇缺少叶酸就会容易导致胎儿畸形，另外如果缺少维生素A和B可导致新生儿先天性唇裂、腭裂，这些都是需要特别关注的。
对于唇腭裂的原因来讲，引起发育和综合障碍的确切原因或发病机理现在尚未完全明了。大概通过实验和流行病学的观察以及调查结果，可分为多种因素影响的，而非单一因素所致。一般包括遗传因素和环境因素两个方面，并与营养、遗传、环境、内分泌等因素有关。
引起唇腭裂的原因当属遗传因素，从遗传方面来讲，有兔唇，也就是唇裂的患者，在其直系亲属或者旁系亲属中是能发现类似畸形的发生的，这就是说它与遗传相关的原因，有遗传学研究认为唇裂属于多基因遗传性疾病。从环境方面来考虑，在妊娠的前三个月中，当母体的生理状态受到侵袭或干扰时，是可能影响到胚胎颌面部的生长发育的，比如准妈妈缺乏营养，不忌烟酒，或者受到一些物理损伤等，都可能造成影响。
