皮下囊肿可能会癌变，但概率极小。
如果皮下囊肿患者有囊性畸形，那么恶性的可能性较大，一般都是良性的。皮下囊肿切除后需要做好组织切片检查，主要是皮脂腺囊肿，皮样囊肿，皮样囊肿等。通常情况下，头部、面部、筋、躯干等都需要外科手术，如果不是感染或者囊肿，可以完全切除。局部皮肤要不要切掉，要看与周边的肌肤情况。当然，部分缺损的皮肤是可以避免再次出现的，这要看其体积，如果是比较大的，可以尽可能的保存周边的肌肤。
皮下囊肿可以不手术的保守治疗也可以。皮下囊肿分为腱鞘囊肿、皮脂腺囊肿、表皮样囊肿等，治疗方法不一样。腱鞘囊肿发生在四肢的腱鞘上，质地比较硬，开始包块比较小，约绿豆黄豆样大小，后来可以慢慢的增大。
皮下囊肿以青年时期头面，臂，背部发病多见.皮表可见开口小孔，推动囊肿时，此处与皮肤粘连甚紧，并见略微凹陷而出现小坑，即为直接通达皮肤表面的腺体所在导管开口，我认为应该先控制炎症等炎症控制后可以手术切掉口服抗生素疗效不佳也可静脉给药，如果实在疼痛难忍可以直接去切开引流排脓引流后再抗感染治疗。
如果皮下囊肿的情况在短时间内没有什么明显变化的话，可以先不用处理的。如果短时间内生长迅速，或者是有疼痛，红肿溃烂等情况的话，需要及时去医院的普外科就诊，进行手术治疗。头上长了皮下囊肿，这是皮脂腺囊肿，是腺体阻塞的原因，容易感染的。皮脂腺囊肿，这个是外科疾病，可以去医院外科手术治疗的，这是小手术，不要担心。
皮下囊肿是因皮脂腺导管阻塞后，腺体内因皮脂腺聚积而形成囊肿。这是最为多见的一种皮肤良性肿瘤，一般是采用手术治疗的方法，很安全，很快的，不用担心。应该去医院检查。