卵巢内有巧克力囊肿需要及时到医院进行手术治疗。巧克力囊肿是肿块，不是肿瘤，是子宫内膜异位症，主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流，如果散落到卵巢上，就形成了巧克力囊肿。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症，这种囊肿影响怀孕，并且可以出现经期腹痛，会逐渐加重。如果是大的巧克力囊肿或者影响怀孕，可以做手术治疗。如果是小的巧克力囊肿，没有明显的痛经，也可以用药物治疗。
如果巧克力囊肿术后卵巢显示不清，有可能是膀胱充盈度欠佳或是肠胀气导致的，如果没有不适，可以先催经等月经干净以后，去医院检查激素6项和在月经的中期检查卵泡的发育情况，看是否能正常排卵。建议平时不要熬夜，养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。
巧克力囊肿彩超有子宫脱落不良的特征，巧克力囊肿会出现小腹肿胀，浑身无力，精神不佳，食欲不振等特征，有可能是遗传引起的一种疾病，当外界因素不良的时候也会引起巧克力囊肿，日常生活中要少去一些潮湿阴冷的环境活动，少去一些有化学物的环境活动。
卵巢囊肿分为生理性和纯囊性，一般小于5cm的囊肿考虑为生理性的，每3个月复查B超就可以了，而且大部分会自行缩小或消失，但也可能在另一侧卵巢或同侧卵巢在长出来。卵巢囊肿大于五厘米，可以考虑手术，但并不是说到五厘米了，必须通过手术来治疗，也可以先吃药，而且有的人没有症状，观察就行，或者做一个标志物的检查，检查结果都是正常的，说明没有发生癌变，暂时就不用考虑手术。如果短时间内有明显的增大，再考虑手术就可以了。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
