如果是病毒感染引起的扁桃体肥大，口服消炎药物，如果是化脓性扁桃体炎，一般都是细菌感染引起的，首选青霉素类的药物，如果同时伴有发烧，咽痛等症状，也可以用冰块冷敷颈部或者是用冷毛巾冷敷，也可以起到收缩血管，消炎止痛的作用。
扁桃体肥大一般是慢性扁桃体炎导致的肥大增生，三度以下肿大，没有任何症状可以不治疗，如果有异物感，疼痛可以吃头孢拉定，甲硝唑，喷七味清咽气雾剂。急性扁桃体炎可以输青霉素，奥硝唑，用生理盐水漱口，一般治疗七天可以痊愈。
治疗上首先应该注意营养，预防感冒，提高机体的免疫功能，积极治疗原发病。如果病情严重时，可以采取手术切除的方法进行治疗，在生活中同时也应该禁忌辛辣、刺激的食物，以免加重病情。
保守治疗是通过免疫调节剂和中成药调节免疫功能，减少病毒细菌的感染，生活中通过减少刺激性食物的过度摄入，饮食后用淡盐水漱口等日常护理。若扁桃体肥大严重影响孩子的呼吸功能，造成长期缺氧或影响吞咽功能，手术切除扁桃体。
对于扁桃体肥大的孩子需要看扁桃体肥大的程度以及临床症状，如果是二度以下的扁桃体肿大多数情况下是不需要手术治疗，如果是三度的扁桃体肿大，每年反复化脓超过五次以上，并且夜间出现了憋醒、打鼾明显，影响了正常的呼吸，需要考虑手术切除。
一般来说，小孩经常发烧需要使用药物治疗。
儿童发烧时可以服用一些退热药，配合物理降温。需要做一些化验和体格检查，如果有细菌感染，可以使用阿莫西林、头孢氨苄等强力的抗感染药物。川崎病患者可以通过静脉注射丙种球蛋白和服用阿斯匹林。在治疗过程中，避免孩子受凉受感染，影响病情的恢复。治疗期间要注意给小孩保暖。
