急性期应以消炎、镇痛、切开引流、防止扩散以及增强全身抵抗力的治疗为主，慢性期应根据智齿的生长情况，去除病灶牙，以防止复发。如果是牙齿炎症，除了要积极消炎控制，在饮食上需要吃清淡的食物。
智齿冠周炎的治疗方法包含局部治疗和全身治疗。局部治疗：主要是局部用双氧水、生理盐水等冲洗；全身治疗：主要是药物治疗，首选药物为消炎类的药物。另外，智齿冠周炎急性发作时，不能拔牙，否则可能导致炎症扩散，加重创伤，其治疗除了抗生素治疗外还需要支持疗法，增强机体抵抗力。
冲洗用药分两种，有冲一次的双氧水，然后用止痛药止痛。也有冲两次的，生理盐水和双氧水交替冲，然后用止痛药止痛。早期可以用局部理疗促进炎症吸收，如果脓肿形成可以切开引流，配合全身治疗，可以根据病情选用抗菌药物，或者是内服清热解毒的中草药进行治疗。
治疗智齿冠周炎的最好方法是应该考虑拔除的。智齿一般拔除的适应症还有导致邻牙损坏。坏的面积较大，无咬合功能。智齿大部分生长在口腔的最里面，也不好清洁，得牙龈炎，牙周炎的概率较高，有时会影响别的正常牙齿智齿冠周炎最好配合消炎治疗。
牙周炎和智齿冠周炎的区别有以下三点：
1、智齿冠周炎只限于智齿附近的软组织，其原因是智齿的阻生；牙周炎对口腔牙周的损害主要包括牙龈、牙周膜和牙槽骨等。
2,智齿冠周炎的临床表现为：磨牙后区肿胀、疼痛、开口狭窄、冠周脓肿、全身不适、头痛、局部淋巴结肿大；牙周炎主要表现为：牙龈红肿、出血、增生、质地疏松、牙周袋形成、牙周袋渗出、牙槽骨吸收、松动、移位、甚至是自然脱落。
3,智齿冠周炎局部消炎镇痛，切开引流，并结合全身抗生素，症状减轻后，拔掉智齿，痊愈；牙周炎要进行龈上洁治、龈下刮治和根面平整，如果有必要的话要进行牙周手术，否则已经被吸收的牙槽骨不能完全复原。
智齿冠周炎的治疗原则主要是增强病人机体抵抗力，控制感染，选用抗菌药物或内服清热、解毒中草药促使炎症消散。急性期后，对病源牙采用外科治疗，以防复发。急性冠周炎如未彻底治疗，可转为慢性，以后反复发作，甚至遗留瘘管。若炎症继续扩展，可产生各种并发症。