新生儿乙肝疫苗接种后会出现瘙痒、红肿或伴有轻度疼痛、小硬结，这是局部皮肤反应，全身反应，可以出现发热，多数为低热，也有少数出现高热，通常一天内消退。还有的出现疲劳感。
新生儿接种第二针乙肝疫苗可能在接种后24小时左右，接种部位会出现硬块发痒，红肿等症状，也有可能伴有不同程度的发热，恶心，食欲不振，腹痛，腹泻等。若持续高烧不退，应及时到医院就诊。
卡介苗和乙肝疫苗可以一起打。
卡介苗是由减毒牛型结核杆菌悬浮液制成的活菌苗。卡介苗可与乙肝疫苗同时接种，不影响彼此效果，并能改善乙肝表面抗原阳性，但应分别向左，右两侧臂进行接种。接种24小时之内切忌沐浴，注意观察皮肤的表面状况及接种后的进食和排便情况、睡着了等，如果不舒服，要与接种机构取得联系，及时咨询医生。
乙肝疫苗是十分安全的疫苗，很少有出现不良反应，那么在不良反应当中比较常见的有发热出皮疹。这种不良反应往往是一过性，充分的休息好，大部分都会在48小时之内完全好转。有极少数的打了乙肝疫苗，可能会出现严重过敏的情况，需要进行规范的抗过敏治疗，以后也不能再接种乙肝疫苗。接种完乙肝疫苗之后，需要充分的休息，保持一个良好的睡眠。
新生儿在出生后要打的是卡介苗和乙型肝炎，在生后三日就要进行皮下注射。
如有皮肤的病变、发烧等早产儿，可以暂时停止使用卡介苗，因为有可能存在先天免疫障碍的婴儿不能打卡介苗，以免引起身体的全面感染。在出生24小时以内注射乙型肝炎，第二、三次注射分别为1-6个月。如果母亲是乙肝病毒携带者，那么孩子出生后6个小时内要注射100个单位的高质量的乙肝免疫球蛋白，还要打乙肝疫苗。
根据实际的情况，乙型肝炎疫苗是非常安全的，一般不会产生不良的反应。
一小部分患者接种完疫苗，会在接种点红肿、硬结，也会有少量的患者会有红肿、硬结等症状，也会有少量的发热症状。乙肝接种后会有明显的过敏性反应，但是通常情况下是没有任何副作用的。副作用很小，属于自限性，需要注意的是要注意的事项。要避免吃辛辣、刺激的食物。
