40天后药物流产，如果导致不全流产，需要进行清宫。
药物流产后出血10天左右即可止血，超过10天仍有阴道出血，药物流产前期出血多，超过月经量应及时进行清宫。超过10天后仍有阴道出血，B超显示宫腔残留物大于1cm，此时应进行清宫。药物流产后10天内出了血，B超检查发现宫腔内没有残留，可以不进行清宫。残留不超过1cm，可以服用米非司酮、补佳乐等药物。
一般药物流动的成功率也相对较高。如果发生流产，在一周左右及时到医院进行彩色多普勒超声检查。如果残留物大部分被清除，如果可以清除，选择颗粒进行调理，注意预防贫血。
怀孕40天药物流产要清宫手术，因为绒毛95%以上会排出来，蜕膜大部分排不出来，需要清宫手术。在家时间太长容易引起感染，影响下次受孕，药流后注意个人清洁卫生，适当的下床活动，有利于血液的排出，对子宫收缩有好处。
怀孕40天进行流产后是否需要清宫要根据流产后复查结果判断。
怀孕40天进行药物流产或人工流产都可以，两者没有本质区别，安全性较高，残留率较低。通常流产后大概两周要复查B超，看宫腔内有无残留。
第一，若有体积小于3cm以下的实性残留或少量液性暗区，血流不丰富的情况，可口服药物促进宫缩，或等来月经，通过月经大部分都可排出体外。
第二，若宫腔内残留无法通过上述方法排出，或残留的体积较大，血流丰富的情况下就需要进行清宫。
一般情况下，40天药流的危害具体如下：
怀孕40天可以进行药物流产，但由于药物流产不全，容易导致流产率很高，出血持续的时间过久。40天药流的危害还可能导致子宫内膜发炎以及子宫内膜粘连，从而导致很难再怀孕。在日常生活中，患者需要养成规律的作息，少吃辛辣、生冷、油腻的食物，同时避免情绪起伏过大，乐观对待生活。
一般情况下，怀孕40天药流是否安全，与女性的具体情况有关。如果女性40岁以下，不存在其他疾病，怀孕40天，且是宫内妊娠，药流是比较安全的；如果女性年龄过大或过小，药流有一定的危险性，此外，曾经患有或者目前患有比较严重的心脏病、贫血、哮喘、青光眼等病种，或者存在肝肾功能不全、过敏体质的情况，这类女性一般不适合使用药物流产，因为以上一般属于米非司酮片、米索前列醇片等药流药物的禁忌症。