如果已经确诊是霉菌性尿道炎，往往会有真菌培养的以及药敏的试验结果，通过药敏试验结果来选择一种敏感的抗真菌药物服用即可。所以如果男性出现霉菌性尿道炎，女方也要去医院检查是否存在霉菌性的阴道炎。如果女性是霉菌性阴道炎，需要同时治疗。霉菌性的尿道炎可能是，继发于长时间服用广谱抗生素的之后发生，可以在情况允许的条件下停用抗生素。
霉菌感染也就真菌感染所引起，在真菌感染的治疗过程中，一般是要求是要用敏感的抗生素，是治疗真菌的抗生素，同时要有足够的疗程，本身霉菌的治疗时间会比较久一点，所以要有足够疗程才能杀灭霉菌。
霉菌性尿道炎可以通过药物治疗、生活护理等方式进行改善。
霉菌性尿道炎是一种比较少见的疾病，主要是由于长期服用抗生素，或是在抗生素中不合理的使用而引起的。这是一种孩子的传染病。如果是霉菌性尿道炎，需要做尿检，尿液中有孢子，也有尿培养。如果尿道炎的症状不严重，可以停止使用抗生素，同时使用抗霉菌的药物，目前临床上使用的主要是大扶康，一般在治疗三天之后，要及时复查尿常规，检查尿常规有无霉菌孢子。
克林霉素治霉菌性尿道炎。
克林霉素的抗菌谱主要是用于治疗表皮、关节、腹腔、妇科感染等，其抗菌谱主要用于治疗皮肤、关节、腹腔、妇科感染等，但在尿液中的含量较少，不宜用于泌尿系统感染。如果病人对克林霉素过敏，在尿培养和药敏实验中，可以选用克林霉素。
尿道炎通常是细菌性的，但从表现来看，是由不洁性生活引起的霉菌性尿道炎。这种疾病主要是抗霉菌的，但是口服药物的许多副作用都很大。主要是外生殖器的外用，用于换衣、消毒使用的衣服和床上用品、清洁马桶和其他接触到的物品，以及预防家庭成员感染直至康复。
男性霉菌性尿道炎可以通过尿液分析、G试验、GM试验、病原学检查等方式查，具体分析如下：
男性怀疑自己患有霉菌性尿道炎，可以留尿液，到医院化验尿液化验，以确定是否有菌丝孢子存在，也可以通过G试验、GM试验来判断是否感染。霉菌性尿道炎患者尿道中可能有豆腐渣样分泌物，可用棉签蘸取这些分泌物进行病原学检查。患有霉菌性尿道炎的男性要保持尿道清洁，多喝水，多排尿，可以口服抗真菌药物。