肛瘘疼痛比较明显，可以口服止疼片，比如曲马多药片，可以有效的缓解疼痛。如果疼痛的特别严重，也可以静脉滴注福比洛芬来止疼，这样止疼效果会比较长。疼痛比较明显的时候也可以肛塞，具有解热镇痛的作用。
二级疼痛。肛瘘大多采用拔线手术，术后要定期绷紧线，这主要是为了保持橡皮筋的作用，可以起到慢性切割、绷紧线时有疼痛症状，一般一个月后肛瘘手术后要用橡皮筋绷紧线将基本拉紧。
肛瘘多采用挂线法，术后应定期收紧。这主要是为了保持橡皮筋起到慢性割伤的作用会出现疼痛症状。操作一个月后，橡皮筋会基本脱落。然而，如果有些病人肛瘘位置太高，时间可能会更长。
对于肛瘘病人，如果有急性感染，可以给予抗炎药物。同时，排便后应注意保持肛门清洁。肛瘘病人应该及时手术，因为这种疾病无法治疗。建议病人去医院治疗，明确具体诊断，保持排便通畅，以免加重病情。
肛瘘疼痛缓解可以选择非手术治疗，包括热水坐浴、通便、理疗，局部有急性炎症可用抗生素。该疗法只适用于反复发作的脓肿初期以及手术前准备，但不能完全恢复的，或者是手术治疗挂线或切除。
