卵巢巧克力囊肿手术后是会复发的，复发率也是比较高的。复发的原因主要是因为巧克力囊肿大多数造成囊肿与子宫内壁发生粘连，通过手术也很难将囊肿完全切除，在切除的时候多数会造成囊肿破裂，从而引起复发。
卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
卵巢巧克力囊肿手术后吃什么好：巧克力囊肿的术后饮食规则应该掌握，家禽家畜、蛋乳、鱼鲜一般均可食用，气血虚少者用以益气养血效果较好。田螺、蛤蚌、蟹、鳖偏凉食，宜少食，过于肥腻的食物也要少吃，对于谷类、豆类、薯类作为主食，均可食用，无需避免，术后饮食适宜清淡，应富含足够的营养，多吃牛奶、菠菜、山药、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等食物。
术后注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，手术后注意增加蛋白质的摄入量。蛋白质可以帮助伤口快速好，可以增加体力。选择鱼类，鱼肉比较容易消化和吸收。注意休息，禁食辛辣生冷刺激东西，适当活动，增强身体抵抗力。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
