卵巢囊肿大多并不影响怀孕，但若为巧克力囊肿是子宫内膜异位症所致，可致不孕。引起不孕的原因有很多，男方有精子成活率低、输精管堵塞等会引起不孕，女方有妇科感染、不排卵、输卵管不通、抗精子抗体阳性等可能会引起不孕。
卵巢囊肿可能会引起月经失调和不孕。
由于受到卵巢激素分泌的影响，可能会引起卵巢囊肿，存在引发月经失调和不孕的可能性。比如，性索间质的卵巢肿瘤通常会分泌雄激素、雌激素等激素，可能引起卵巢囊肿，还可能导致女性体内的雄激素水平过高，进而对女性的生殖功能产生一定的负面作用，导致女性无法正常怀孕，也会影响月经的正常来潮。不过经过治疗后，这种情况通常会有所改善。因此，女性要注意积极接受治疗，以免影响身体健康。
一般来说，患有卵巢囊肿要做肿瘤标志物检查，主要是因为卵巢囊肿大部分属于妇科良性肿瘤，但是还要排除有恶性程度的可能性，所以通常最好做肿瘤标志物的化验检查。此外，如果患者是卵巢囊肿，同时伴有痛经的症状，通过肿瘤标志物检查，如果检查发现CA125出现轻度升高，就高度怀疑是否由于子宫内膜异位症引起的囊肿，通常可为临床上下一步的治疗提供可靠依据。
一般情况下，左侧卵巢囊肿是否会不孕需根据实际情况来判断，具体内容如下：
彩超显示有卵巢囊肿是左边的，要看囊肿的大小和类型。女性在女性体内排卵后，左侧卵巢囊肿低于三公分，一般不会对妊娠造成什么不良反应。如果是左边的卵巢有不规则的回音，或是出现了分格，又或是进行性的痛经，那么就需要怀疑是巧克力囊肿的表现。
卵巢囊肿是有可能影响怀孕的，卵巢囊肿是卵巢肿瘤的一种，卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，当卵巢受到破坏时是会造成不育的，如果同时伴有进行性加重的痛经及性交痛、盆腔有触痛性结节，则应考虑子宫内膜异位症（即巧克力囊肿），采取不同的治疗。
卵巢小囊肿并不影响受孕，有正常性生活，未避孕，一年未孕，诊断为不孕，曾经怀孕过属于继发不孕。女方月经二到五天抽血查激素六项，月经第十一天开始通过阴超监测是否正常排卵，月经干净三到七天做输卵管造影看看输卵管是否通。
