内口的处理可以每天按压肛门挤出里面的脓水，别让脓水聚在里面，可以口服抗炎药物治疗，每天在指导下可以坐浴治疗，让内口慢慢长好，不要吃辛辣刺激的食物。平时注意饮食，注意自身的营养均衡。
肛瘘手术常用的治疗方法是挂线治疗，大致的方法是沿着路管植入一根丝线，通过收紧丝线的方法，使得瘘管被破坏了。平时注意保持局部的清洁卫生，保持大便通畅，排便后及时清洗肛门。
手术后如果流恶臭的液体可能是感染引起的。需要切开下引流条，把脏东西全部排出来，然后进行抗炎治疗。饮食上要吃清淡，不要吃辛辣刺激性食物，长时间坐着要多运动。多吃新鲜蔬菜水果和粗纤维的食物，这样才能防止便秘。都需要检查是否彻底把脓排出来，就完全排出才能痊愈，要不然还是可能复发的。
肛瘘可以选择使用生理盐水冲洗瘘管，然后注入生物蛋白胶。其次是进行手术治疗。瘘管切开术适用于低位的肛瘘。传统的挂线疗法也有一定的作用。放松心情，注意休息，合理饮食，不吃生冷刺激性食物，适当多吃蔬菜水果，避免便秘。
术后继续有液体流出应该是正常的，可能是肛瘘手术后的并发症。如果术前有炎症渗出，主要是创面的渗出液引起的。必要养成良好的排便习惯，一般24小时内建议排便，另外要注意卫生，补充含有粗纤维的食物，饮食要干净卫生，及时换药和清洗避免感染。
肛瘘严重才需要手术的，只有通过手术切除才能彻底。肛痿保守治疗效果不佳，且久治不愈容易引发癌变。到三甲医院肛肠科做详细的直肠检查，再根选择手术方式，彻底切除病灶。术后保持大便通畅，便后及时清洁肛周皮肤。
