第一针和第二针疫苗最晚不要超过48天，接种乙肝疫苗要按照规定的时间接种，不可以提前接种，但可以稍微延后接种，种第一针乙肝疫苗之后可以产生一定的抗体，后面的两针是加强针，间隔的时间太长，不利于乙肝表面抗体的形成。
正常足月出生的新生儿，生后24小时内要接种乙肝疫苗第一针；一个月龄时要接种乙肝疫苗第二针；六个月龄时要接种乙肝疫苗第三针；每次五微克。如果母亲是乙肝病毒携带者，生后六个小时之内要肌内注射高价乙肝免疫球蛋白100-200IU，同时更换部位注射乙肝疫苗10微克。如果母亲乙肝DNA定量阳性，那生后半个月的时候，要重复注射相同剂量的乙肝免疫球蛋白一次。
新生儿0.1.6个月全程接种，即在孩子刚出生时、1个月大、6个月大时分别接种乙肝疫苗，打满3针。由于乙肝病毒可经过胎盘或产道传播给婴儿，还可能通过哺乳、喂养等方式传播给婴儿，对于母亲乙肝表面抗原呈阳性的孩子，应在出生时即采用乙肝免疫球蛋白加乙肝疫苗联合免疫。
乙肝疫苗注射的第一针是在小孩出生当天，即小孩分娩出来后的24小时内，越早注射越好，第二针在出生后的第二个月，然后第六个月注射第三针，这是正常注射乙肝疫苗的方法。另外现在为了减少母婴传播的概率，还要打乙肝高效价免疫球蛋白，共打两针，出生当天和出生后的第二个月各打一针。
是否需要打乙肝疫苗加强针需要结合乙肝表面抗体滴度来决定，如果乙肝表面抗体为阴性，或者是滴度较小，就需要通过输注乙肝疫苗加强针来增加抗体滴度，增强自身抵抗能力。
第三针乙肝疫苗在第二针疫苗接种五个月后接种。乙肝疫苗全程接种三针，免疫程序为0、1、6.即当天接种一针，一个月后注射第二针，六个月后注射第三针。第二针与第一针间隔28天以上即可接种，第三针与第二针间隔3个月以上即可接种。在规定的免疫程序最上限时间不超过1个月都可接种，如果超过最上限1个月后接种可能会影响抗体的产生。
