一般情况下，胃食管反流患者长期服药可能会有副作用，具体内容如下：
如果患者出现了胃食管反流的情况，通常需要在医生指导下使用质子泵抑制剂来进行治疗，如奥美拉唑肠溶片等，以控制胃酸分泌。而这类药物与食品、营养品的性质有所不同，可能会产生一定的副作用，可能会影响患者胃肠道的菌群平衡状态，长期服药可能对患者的胃肠道功能产生影响。因此，在出现不适症状后，患者应遵医嘱调整药物使用量，或更换药物，以免进一步影响身体健康。
这个药是属于中成药，不适宜长期的使用，长期的使用可能会导致脾胃虚寒，所以普通病情，缓解就可以停止使用，因为药物和食物不同，长期的使用都是会影响身体的，需要继续保养，尽量的减少不良刺激。
长期吃氨糖软骨素没有副作用，经常性的服用也可以改变椎间盘的营养状态。最主要的成分是氨基单糖，是关节软骨的主要组成成分，因此具有很好的营养软骨的作用，临床当中常用于治疗半月板的退变。
长期服用会导致过敏、血管神经性水肿、肾功能障碍、肾衰和少尿、心血管系统心肌梗塞或脑血管意外、可能继发于高危病人的血压过低胸痛、心悸、心律失常、心绞痛、雷诺现象。
有副作用，主要的不良反应是头痛、出血倾向和过敏反应，可能会出现攻击性的行为或者是敌对性的兴奋、焦虑、抑郁、注意力不集中、心悸、消化功能不良如恶心、呕吐、腹泻等，以及肝功能的损害。
