大多数原因自然流产都是因为染色体有异常。怀孕后有两次无胚芽自然流产了，要高度注意，连续三次以上是习惯性流产了。先考虑是双方生殖细胞有质量问题，另外要考虑是不是有免疫因素，需要采血检查各种抗原抗体，及早查找病因。
宫外孕输卵管阻塞盆腔炎，可以服用药物治疗盆腔炎、保持外阴部清洁。
患者第一步可以在医生指导下服用一些抗炎的药物，如盐酸左氧氟沙星胶囊、头孢克肟分散片等，搭配金刚藤胶囊等药物，使炎症得到有效控制，先将盆腔炎治好。平时保持外阴部清洁比如勤换、勤洗内裤，内裤应是宽松、棉、透气性好的。治疗输卵管堵塞常见方式是输卵管插管疏通术、输卵管通液治疗两种，建议及时治疗，以免影响日后怀孕。
停孕后3-4天就会出现自然流产，这与生殖内分泌有关，在胚胎的早期发育阶段，雌激素、孕激素、绒毛膜促性腺激素是三种激素水平。如果体内缺乏内源性荷尔蒙，就会引起胎儿的生长停滞。如果体内有某种抗体，就会影响到胎儿的发育，从而引起生殖免疫问题。如果是子宫出了问题，就不能怀孕了。染色体问题，包括夫妻双方、外界污染、辐射等。所以在怀孕之前要做好详细的孕前检查。
宫外孕可能会自然流产，这是由于胚胎在宫外生长发育的时候，一般环境不佳，而且这时胚胎生长发育不良，所以就可能会出现自然流产的表现。如果宫外孕自然流产，就会引起持续的阴道出血，以及下腹部一侧的疼痛，同时检查彩超会看到盆腔有明显的积液出现，而宫外孕的包块一般比较大，考虑是流产后的出血刺激导致，这时检查血hcg和孕酮通常会非常低。
输卵管堵塞的原因有：感染，急性的感染期没有控制好，然后转成慢性的盆腔炎症。常见于不良的生活，或者病人做过药流、人流等手术。机械性的原因，做过盆腹腔手术，例如阑尾炎、宫外孕、子宫内膜异位等都是造成输卵管堵塞。
怀孕孕酮太低自然流产后再孕可能会胎停育的，首先单纯的孕酮偏低一些，一般是不会有胎停育的问题的。是否是会发生胎停育的问题，主要是和胚胎自身的质量有直接的关系的。妊娠期的孕酮水平，常常是可以有很大范围的波动的，并不是会一直维持在一个高水平。
