应该考虑溃疡和炎症感染，需要积极治疗。可以使用药物来保护胃黏膜药物和抑制胃酸分泌药物两周后，应有明显改善。通常，应该注意饮食，避免辛辣食物刺激，少吃多吃。应该可以慢慢调整，在治疗两个月后复查。
舌根溃疡可以口服一些清热解毒的食物，还有药物进行调理，常见的食物是西瓜海带，冬瓜，薏米，绿豆，苦瓜等，如果是细菌性感染的，可以使用一些含有蛋白质的喷雾进行治疗。
可以选择激光或者微波局部烧灼增生的滤泡，减少其增生，也可以应用激素类药物局部封闭治疗，有一定的治疗效果，可以减轻异物感，但不能根除，日常生活中尽量少食用辛辣刺激性食物。戒烟戒酒，平常多饮水。
如果是一般的口腔复发性阿弗他溃疡，即使不做特殊处理，该类溃疡也有一个明显的自限性，大概在1-2周左右就会明显好转，乃至恢复。同时疼痛逐渐加重，尽早去口腔科行必要的病理性活检，避免口腔癌的发生。
舌根部淋巴滤泡增生的治疗有几种方法。先可以选择冷冻治疗，在表面麻醉下，将探头放在舌根部，控制温度，对增生的淋巴滤泡进行冻融。范围较大的可以做2一3次以上反复冻融，也可以选择激光治疗。
