卵巢囊肿的治疗取决于囊肿的大小和症状。有必要在所有方面采取保守的药物治疗或选择性手术。对于对内分泌影响较大的多种囊性疾病，进行手术治疗。对于小单囊肿可能是生理性的，所以可能是自我恢复，定期复查彩超等，囊肿也可以在选择中医治疗方面有一定作用。
囊肿可以是生理性的或病理性的，生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。病理性的左侧卵巢囊肿是由于疾病而形成的囊肿。到三甲医院检查治疗，囊肿直径大于5厘米，一般需要手术治疗。如果比较小可以用药物治疗一下，定期做好复查的。
良性卵巢囊，子宫切除发生于近绝经期或绝经期妇女的一侧或双侧卵巢囊肿病人全身情况不能胜任，双侧附件及全子宫切除为宜，但会严重影响内分泌失调。卵巢囊肿切除术：病人多无月经障碍，甚至有合并妊娠者，有的一侧肿瘤较显着，则可行患侧输卵管卵巢切除术。输卵管卵巢切除术：一侧卵巢囊肿发生于年龄较大）病人周身情况不能胜任或炎症严重者常行全子宫切除术，应不计切口大小。
卵巢囊肿是很常见的，一般小于五公分的卵巢囊肿，一般是可以采取中药外敷的方法来调理的，如果卵巢囊肿大于五公分的话，一般是要采取手术的方法，手术的方法比较有风险。
确定为卵巢囊肿，首先要确定是良性，还是恶性。如果囊肿小于6厘米可以保守治疗，如果囊肿比较大，中药不一定有效，因为卵巢囊肿每个人的病理变化都不一样，有的人用中药可能就治了，但也有肯加重病情，但是可以考虑用药后复查，必要时需要手术治疗的。
卵巢囊肿的治疗方案，对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。
