巧克力囊肿的症状有痛经，可以在经前、经期、或经后出现，二是月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵。分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，不孕不育和腹痛。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
巧克力囊肿在临床上最主要的症状会出现经期下腹部疼痛，并且疼痛呈逐渐加重的趋势，月经不规律、月经量的改变等。由于巧克力囊肿不仅可以引起卵巢局部的变化，还可能会导致盆腔组织粘连，会引起下腹部疼痛，这种疼痛常常是在月经期或者性生活的时候疼痛加重。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术，而不是自己的愿望，不是不想手术就可以避免的，如何治疗要听医嘱，要看个人的身体状况。
卵巢子宫内膜异位囊肿又名巧克力囊肿，巧克力囊肿症状首先表现为性交痛：这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性交痛，而且常于月经前较为明显。其次是白带异常：少数会因卵巢巧克力囊肿而引发白带增多、色黄或是有异味等现象，有的时候也可出现白带夹有血丝等异常症状。
