种植学说，化生学说和上皮由来学说。常见的有经血逆流，医源性种植，淋巴传播和血管播散等，因为还有免疫学说。只要表现是痛经，而且还会进行性加重，另外还有性交痛，不孕或者月经失调等症状。
有卵巢巧克力囊肿是一种妇科内分泌疾病，表现为月经周期不规律、不孕、多毛或痤疮，应该积极进行锻炼，多喝热水，减少高脂肪、高糖食物的摄取，降低体重，促使雄激素水平下降。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
三种治疗方法可以对付卵巢囊肿。传统手术，会带来一定创伤，囊肿容易破裂引起复发；腹腔镜手术，有较好疗效，手术费用不菲，但术中囊肿易剥破，导致盆腔黏连、化学性腹膜炎等；经阴道超声介入手术，微创诊疗技术，定位准确，不伤其他组织，复发率低，不影响生育。
巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，有生育要求的年轻病人，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
卵巢巧克力囊肿：饮食宜多吃具有抗肿瘤作用的食物：忌吃鲎、鳖、龙珠茶、腹痛、腹胀宜吃猪腰、杨梅、橘饼、核桃、栗子。出血卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃羊血、螺狮、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇、马兰头、石耳、柿饼。
