脑炎首先是要明确病因的，如果是感染的，要找到它究竟是哪种病原微生物进入到脑子里边了；如果是病毒性的，要用抗病毒的治疗；如果是细菌，要抗细菌的治疗；如果真菌，要抗真菌的治疗。总而言之，要明确病原菌的种类，然后给它一种相应的特异的治疗。当然如果明确病因是与自身免疫相关，应该给它相应的免疫治疗，比如丙种球蛋白、激素等。
腰穿后出现头痛是因为腰穿释放脑脊液或者穿刺针孔有脑脊液渗漏，导致蛛网膜下腔内压力减低，脑组织下沉所致。这种要卧床休息，尽量避免起床活动，同时积极补液治疗，症状一般都可以在一周之内缓解。
一般来说，脑炎治疗期间头痛经常会反复。
脑部高颅压以及脑膜受刺激是脑炎导致头痛的主要原因。针对病原体使用抗病毒药物或抗生素，同时配合使用脱水降颅压药物是治疗脑炎的常见手段。脱水剂能有效缓解患者头痛的问题，但药物的作用时间基本在4~6小时，因此患者头痛经常会反复出现。
日常生活中患者应适当运动，比如慢跑、游泳等，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，多注意休息，避免劳累，保持心态平和，有利于身体健康。
一般脑炎诊断需腰椎穿刺脑脊液。
由于脑炎病人可在脑脊液内找到细胞数和蛋白，糖、氯化物等异常，有关抗体也可被检出，特别表现为某些病毒抗体或自身免疫性疾病中某些抗体出现异常，那么脑炎有没有彻底治愈，须行腰椎穿刺检查。如果没有经过治疗的话，那么就会出现病情加重的情况，甚至可能导致死亡，因此对于脑炎患者来说一定要做好必要的护理工作，以免延误时机造成严重后果。由于脑炎的诊断依赖于脑脊液检查，复查时还需经腰椎穿刺观察脑脊液情况，为了观察脑脊液中细胞数，含糖量、氯化物这都正常吗，和脑脊液压力正常与否，才可以更进一步判断病人的脑炎有没有被控制住，是治愈了。
因此，脑炎患者在复查时，通常情况下，腰穿很重要。
脑炎是指中枢神经系统的感染，脑炎的患者往往会出现发热头痛的情况，一般来说，做头颅的磁共振，可以发现一些病变的范围以及病变的部位。
如果是轻度脑炎，尤其是病毒性脑炎，头颅磁共振检查可能发现不了病灶。通过腰穿检查，可以发现脑脊液压力、脑脊液细胞数、蛋白含量，还可以检测出脑炎是否患有脑炎，如果是轻微脑炎，需要做腰穿检查和脑脊液检查。
