男性性功能障碍可以选择对症药物治疗，男性性功能障碍主要包括阳痿、早泄等，可与精神压力过大、生活作息不规律等因素有关。患者可通过药物治疗、生活调整等方式加以改善。
若属阳痿患者，药物治疗可选择万艾可枸橼酸西地那非片，该药是治疗男性勃起功能障碍的一线用药，有利于海绵体勃起时长及硬度改善，使男性达到四级硬度，类似黄瓜，可维持充分硬度30分钟以上，有利于治疗男性性功能障碍。同时，该药物无依赖性，可放心长期用药；如伴有早泄的情况，可选用达泊西汀片、五子衍宗丸等药物加以改善。
此外，因男性性功能障碍发生与生活习惯密切相关，故建议患者平时做好生活护理，建立对疾病的正确认知、减少手淫频次、避免抽烟酗酒、适度控制饮食及个人作息，也可帮助改善性功能障碍，辅助提升性生活质量。
首先应明确病人性功能障碍的原因，若为性知识缺乏而导致的障碍，可对其进行性生活知识的宣传教针对工作、生活压力大的性功能障碍者，可进行心理干预，消除日常的紧张、焦虑情绪；另外，建议其经常进行体育锻炼，增强体质；可对病人的性生活技巧进行培训，如改变性生活的体位、姿势。
中国传统医学认为，性功能障碍主要与“肾”有关系，而用针灸能够通过经络的作用，纠正肾功能的失常，用来治疗阳痿、遗精等性功能疾病。心理治疗：在探讨阳痿的成因时，归纳为“思想无穷，所愿不得，意淫于外，入房太甚”等几大原因，所以治疗上也必须使用心药。即“凡可以满足人之心愿，解除其心中不可语人之愁闷，谓之心药。”根据病人出现的问题，寻找心理方面的原因，然后再进行疏导。
对于肾阴虚证的患者，可以采用滋肾育阴，养血益气的治疗方式，而肝郁气滞的患者，而需给予养血柔肝、理气解郁的治疗。肾阳虚证的性功能障碍可以采用温肾扶阳、填精益气的治法。
性功能障碍应加强对性知识的引导，消除对性问题的忧虑和恐惧，纠正错误的性观念和性交方法，使夫妻的性生活协调一致。心理治疗强调个体化治疗，常用的有心理分析、厌恶疗法、全身脱敏疗法、家庭疗法等。主要通过性集中训练，使之逐渐适应，熟悉性交过程，提高自己的性反应意识，充分享受性交的快感，减少对性交的焦虑和恐惧。在治疗过程中，另一方应避免性体验、性自尊和性幻想的不良刺激，避免有害的性吸引活动。耻骨尾骨肌训练对于骨盆底肌松弛或产后耻骨尾骨肌发育不全的妇女尤其有效。
在中医上，药疗和食疗是不分家的，可以同时进行。性功能障碍既有内服药，也有外用药，在古代是外用药物远多于内服药物。外用药治疗性功能障碍是通过将药物涂抹在阴茎上或用药物洗阴道。但现代主要是通过内服药治疗性功能障碍。具体的治疗性功能障碍的中药需要根据病症来定，因为中医讲究对症治疗，因此存在性功能问题者，应尽早到正规医院进行对症治疗。食疗方法可以摄入优质蛋白质、脂肪，以及维生素和微量元素的定量补充。