不好的胚胎一般会在怀孕的45至50天左右出现流产的情况。
如果存在女性卵泡质量不佳，或者男性精子质量异常的情况，在怀孕之后，胚胎的质量可能就不是很好。而胚胎的质量不好，就容易导致在怀孕的45至50天左右出现流产的情况。还有的的会在怀孕的8至10周左右出现胚胎停止发育的情况。所以在怀孕之后，应该定期进行产检，明确胎儿的发育情况，出现异常后积极进行治疗。
流产出来的胚胎会放入专用的医疗垃圾袋里，送到专门的地方销毁。
女性在做完流产手术后，需要多注意休息，不用担心流产后的胚胎，医生会进行处理。术后一个月内不得进行性生活，保持良好心态，不要剧烈运动，可以多吃一些有营养的食物来促进身体恢复。术后15天左右就可以前往医院复查，排除宫腔内存有残留物的情况，如果有残留物，还需要再次进行清宫处理。
胚胎组织是白色的，绒毛组织似棉絮，自然流产一般出血量比较多和月经量差不多或者是多于月经量。如果没有看见明显的胚胎组织，而出血量又比较多的情况下，可以做妇科彩超检查明确一下是不是自然流产或者不全流产。
胚胎着床的时候一般是在怀孕二十天左右的时候，这种时候还属于怀孕早期，所以很容易出现流产，一般胚胎刚刚着床就流产，孕妇会出现阴道不正常流血的现象，并且孕妇还会出现腹痛的现象，对孕妇身体健康的危害很大。
确定胚胎停止发育后有的可能会在几天内自己流产排出体外，通常不会自己排出，或者排不干净。这样会滋生细菌，造成宫腔感染，严重会造成大出血，所以胚胎停止发育后要及时清宫。
流产后的小胚胎通常会当做医疗废物进行处理，基本上会有特殊的治疗渠道。如果强烈要求把它带走，也可以把它带走处理并埋葬。如果自己不处理，通常会遵循医疗废物处理的统一标准。