一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
通常情况下，卵巢囊肿出现疼痛症状可能与囊肿大小和性质有关系。如果患者患有的囊肿体积小，直径在3cm以内，通常是没有疼痛感的。但是如果囊肿持续增大，直径超过5cm，就有可能会出现疼痛感的。而且用手按压的时候，腹部可能会有压痛、反跳痛等症状。如果是生理性的黄体囊肿或者滤泡囊肿，一般会跟随月经来潮自行消失，没有疼痛感。而病理性的巧克力囊肿，可能会出现进行性加重的痛经。
一般情况下，卵巢囊肿疼痛可能是以下原因导致的：
如果一个卵巢囊肿低于5cm，就不会出现任何的症状。如果卵巢囊肿疼痛，说明是由于卵巢囊肿长的太大。当发生囊肿蒂扭曲时，会引起卵巢囊肿肿疼痛。如果是卵巢囊肿疼痛，患者可以遵医嘱口服桂枝茯苓胶囊进行治疗。如果卵巢囊肿比较大，必要时，患者可以通过手术的方式进行治疗。
卵巢囊肿一般不能吃药进行治疗，一般可以通过手术进行治疗。激素水平异常可能会导致卵巢囊肿，如果卵巢囊肿较小，一般不会导致女性出现明显不适症状，此时吃药不能治疗卵巢囊肿，所以一般可以不进行特殊治疗。如果卵巢囊肿较大，可能会影响正常怀孕，此时药物对于卵巢囊肿的治疗作用不明显，需要及时进行手术治疗，以切除卵巢囊肿。
卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
治疗卵巢囊肿的中药主要是活血化瘀类的，常见的有当归、茯苓、益母草、桂枝、川穹等等，这些中药可能具有抑制卵巢囊肿生长的效果，甚至可使其缩小，常用的中成药有桂枝茯苓丸。需要注意的是，不同患者对中药治疗的反应不同，如果服用中药超过2个月，卵巢囊肿依然没有变小，可能需要进行手术治疗。但具体的治疗方案，需要去医院就诊后再确定。
