瘘外口流出少量脓性，血性，粘液性分泌物为主要症状，较大的高位肛瘘，因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出。由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿，瘙痒，有时形成湿疹。
肛瘘手术后肛门瘙痒有时候是正常的，伤口是需要一定的时间才能够恢复的。在伤口恢复期间会有发痒的现象，但是也不排除是术后导致了感染。如果是感觉很痒，可以去医院复查一下。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛周因瘙痒出现局部的抓痕，有血痂，可引起肛门局部的疼痛，甚至皮肤出现小的裂口而引起局部渗血，长期的肛门瘙痒还引起肛周皮肤皱褶的增厚，如出现纹理的加深增宽。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
外阴瘙痒、皮肤瘙痒、肛门瘙痒、阴囊瘙痒、腹股沟痒、皮肤搔痒、会阴痒、剧痒、尿道口痒、搔痒无度、红肿奇痒、湿痒生疮，瘙痒常从一处开始，逐渐扩展到全身。常为阵发性，尤以夜间为重，严重者呈持续性瘙痒伴阵发性加剧，饮酒、咖啡、茶、情绪变化、辛辣饮食刺激、机械性搔抓、温暖被褥、甚至某种暗示都能促使瘙痒的发作和加重。常继发抓痕、血痂、色素沉着，甚至出现湿疹样变、苔藓样变、脓皮病以及淋巴管炎和淋巴结炎。
