小儿慢性肠炎的发病率很高，一般是因为病毒感染而导致的，一般情况下，小儿慢性肠炎的治疗主要根据病毒和非侵入性细菌来判断。
临床表现出明显的中毒症状，尤其是新生儿、婴幼儿、重症患儿可选用抗生素。抗生素不能治疗由病毒引起的肠炎。治疗由寄生虫引起的肠炎需要服用一些抗寄生虫的药物。可以适当选择胃肠粘膜保护剂和微生态治疗。
便秘最主要的还是应以调护为主。要调整饮食结构，使饮食多样化，让孩子多吃水果、蔬菜等富含粗纤维的食品。最后，要注意补充水分，每天早上起床后和每次餐前半小时空腹喝一杯温开水，这样可以起到润肠通便的作用。
直肠炎最为常见的临床表现是以大便形状改变为主，同时伴有便血，与长期吃饭，饮食不规律有关，特别容易造成结直肠疾病，应该及时到医院就诊和治疗，排除是否存在直肠癌的可能性，适当的口服一些药物症状都可以得到有效的改善。
小孩慢性肠炎是临床常见的症状之一，很多都有腹胀，大便次数增多等症状。治疗上可以口服药物改善腹泻、腹痛症状，也可以口服中药来进行治疗。同时注意饮食，不要饮酒和进食辛辣刺激的、生冷的食物。
慢性肠炎是有由细菌、病毒或者寄生虫引起的胃肠道疾病。治疗慢性肠炎时需根据细菌药物敏感实验结果选用合适的抗菌药物。还有就是需要补充足够的液体以及纠正电解质和酸中毒。建议在日常生活中要有良好的用餐习惯，不吃变质和不干净的食物。养成餐前便后洗手的习惯。
