肛瘘病发时会出现脓肿，是不能够自愈的，是必须通过手术进行引流治疗。肛瘘的手术治疗要根据病人肛瘘的位置和内扣的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来决定。瘘管切开术：适用于低位肛瘘，将瘘管全部切开引流，此手术会对外括约肌皮下部和浅部造成损伤，但术后肛门不会出现失禁。
肛瘘手术以后的病人取出肛门内填塞物以后就可以正常解大便，很多病人都有这样的体验，觉得想要解大便，但是蹲又蹲不出来，这是因为肛门里面的结扎线和橡皮筋刺激，引起病人想要解大便的感觉，并不是真的有大便。所以，如果病人想便便不出来的时候，可以寻求医生帮助，判断是不是真的有大便。如果真有大便而解不出来，可以应用相关药物两支挤到肛门里，可能大便就能顺利解出来。
肛瘘手术后小便解不出跟麻醉有关，麻醉后可能逼尿肌无力，导致排便困难。也有部分原因是由于肛门部疼痛，诱发尿道括约肌痉挛，在高龄男性患者本身有前列腺增生，在多种因素作用下导致小便不畅，甚至排不出。
以柔软好消化的食物为主，可以吃一些新鲜的蔬菜和水果。忌吃辛辣刺激性的食物，可以适当的吃点肠道益生菌，调节一下肠道的菌群，可以适当的增加膳食纤维，另外就是保持局部的清洁，按时进行换药。
肛瘘手术后直接可以洗澡，肛瘘手术属于肛门处手术，本身就不属于无菌手术，洗澡是没有影响的。不过洗澡后肛门处尽量擦干净，保持创面的干净清洁。术后有很多需要温水坐浴，碰水也不影响愈合。
多数做完肛瘘手术后第二天就开始有大便，在第一天不要拉大便更好一些，因为这样可能会刺激肛门导致肛门出血。手术第二天之后就可以正常的吃喝拉撒，但是排便的时候尽量轻一点，不能太用力，否则会加重疼痛。
