月经不调右侧卵巢囊肿可以通过药物治疗、手术治疗等方法进行治疗。
如果右卵巢囊肿比较少，不需要做外科手术，可以在医生的指导下服用短期的避孕药。炎症性囊肿可以通过服用一些活血化瘀的中药来进行调理。一般在卵巢囊肿治愈后，女性经期不规律是可以自行恢复的。
当卵巢囊肿的大小超过5cm，或囊肿的增长速度快时，需要住院进行外科切除病变，主要是通过腹腔镜进行手术。
患有卵巢囊肿也可能导致月经不调，因为月经是由雌激素和孕酮的相互作用和相互调节来维持的。雌激素和黄体酮主要由卵巢分泌，所以当卵巢有囊肿，特别是相对较大的囊肿时，可能会影响激素分泌，从而导致月经不调。
如果患者患有卵巢囊肿期间，出现了月经不调的情况，需要根据患者的实际情况进行用药。导致月经不调的原因有很多，中可能是身体虚弱、气血亏虚、饮食不当等因素导致的，可以遵医嘱选择乌鸡白凤丸进行调理，可以改善月经不调，有较好的效果。
如果是肝气郁结导致的月经不调，可以在医生的指导下选择逍遥丸，能够使病情好转。
单纯的卵巢囊肿是不影响月经的，但是恶性的就不好说。如果卵巢只是长了囊肿，没影响到卵巢功能，卵巢分泌功能还是正常的，是不会影响月经的。一旦长了卵巢囊肿，首先得做彩超，看看囊肿大小，周围的边界回声，有没有血流信号。如果是恶性的，无论大小必须马上手术，恶性的会引起不规则出血、月经不调。如果是良性的，定期复查就可以。
卵巢囊肿会引起腹痛，扭转，感染，月经失调，破裂，受孕困难等。大多数属于良性的，没什么症状，不需要治疗。月经延长，可以使用调经止血的药物。对于较小的囊肿，定期复查。大的囊肿需要手术治疗。