巧克力囊肿做腹腔镜手术是不会疼的，因为在手术中会用到全麻，病人会在麻醉结束后昏迷。
手术完成后，患者可能会出现小腹的疼痛和不适，这是因为麻醉药物药力会逐渐减弱，直至消失，但这种不适症状通常在术后24小时能够自行消失。做手术之后一定要卧床休息,不要做剧烈的运动,还要注意腹部保暖,避免着凉，饮食以清淡、营养为主。
麻醉成功之后，会在肚脐以及肚脐的两周，总共切4个小的刀口。然后将所有的器械都进入到盆腔观察情况，找到巧克力囊肿，将其提起。先进行穿刺，将囊肿里面的液体引流，再将囊肿里面血液冲刷，之后进行巧克力囊肿的剥离。剥离之后再进行缝合和止血。缝合结束之后需要进行盆腔的冲洗。再检查盆腔内没有异常出血，将器械撤出，手术就结束了。
巧克力囊肿是没有明显症状，但可能有子宫内膜异位症，子宫内膜异位症可能出现痛经、月经异常。对于巧克力囊肿，药物治疗通常无效。应该考虑微创手术。手术后也需要注射以防止复发。如果子宫内膜异位症引起严重痛经，也可以用药物治疗。
如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
巧囊指的是卵巢巧克力囊肿，因囊肿内液体似巧克力样而得名。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是指子宫内膜异位到了卵巢上。来月经时，异位到卵巢的子宫内膜也会出血，这样囊肿就会慢慢变大。
