对于复杂性的肛瘘，一次手术是可以治好的，患者首先要有信心配合治疗，术后要按照医生的指导坚持坐浴，每天两次，每次15到30分钟，要养成良好的饮食习惯和卫生习惯，少吃辛辣刺激的食物，多吃新鲜的蔬菜水果，保持大便通畅，便后及时清洗，注意肛周的清洁卫生，定期到医院复查康复情况。
肛瘘不能自愈，必须手术治疗。首先，时间长了容易癌变。其次，没有癌变者，增加肉体和精神上的痛苦，如肛门会经常疼痛，内裤是经常被脓血污染的，尤其是局部皮肤瘙痒，令人难以忍受。使体质下降，抗病能力下降。经常流脓血会导致贫血，感到很虚弱、没力气，精神萎靡等。所以，肛瘘对人的危害是很大的，及早手术治疗是上策。
复杂性肛瘘复发的原因考虑是支管清创不彻底等导致的，肛瘘一般是由三部分组成的，也就是内口、窦道、外口，组成简单的肛瘘，如果外口封闭，形成脓肿，积聚到一定程度就会从肛门其它地方破溃而出，这时候就相当于有一个内口，两个或两个以上的外口，这时候就称为复杂性的肛瘘。
复杂性肛瘘在肛肠科中属于大手术，其手术难度常见原因如下，复杂性肛瘘内、外口较多，且不易找到，往往需借助影像学检查，如盆腔磁共振、腔内B超确定位置，肛门直肠位置狭小，手术器械操作困难，手术耗时长，为保护肛门直肠环境，手术往往需进行两个多小时。
可以依据自己的身体情况适当做一些运动的，但是注意平时要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，避免油腻辛辣刺激性食物，适当运动，戒除烟酒，也可以在医生的要求下，服用一些药物来调理。
高位复杂性肛瘘一般属于比较棘手的疾病，往往需要挂线手术疗法，但是有的是很难探及完整的瘘管盲端的，特别是高位、近端的那个出口一般高位复杂性肛瘘主要是不能完全切除，因为有损伤肛门括约肌造成大便失禁的可能。挂线疗法往往需要2-3周左右才能愈合得比较好一些。