小儿慢性胃肠炎的临床表现与胃粘膜病变的严重程度并不相符，而且病程会随着时间的推移而延长。
小儿慢性胃肠炎的症状以反复腹痛为主，没有规律，一般在进食后会加剧，且疼痛位置不明确，多见于脐周。小儿腹痛的主要表现是不稳定、进食和行为的正常变化，年龄较大的儿童则会出现上腹部疼痛，出现嗳气、早饱、恶心、上腹部不适、反酸、吃硬、冷、辛辣等食物，或吃了冷、辛辣等食物，导致病情加重。
少数儿童会有食欲减退、乏力、消瘦、头昏等症状，同时伴有胃糜烂的患者会有黑便的体征，一般不会很明显，疼痛的位置可能是在中上腹部或者是脐周。
通常情况下，慢性胃肠炎1-3个月左右才痊愈。
慢性胃肠炎以长期的病程为主，主要是由细菌或病毒感染所致。如果按照常规用药，一般一周左右就会好转，但是如果要让破损的胃肠道恢复到原来的样子，就必须要吃药了。此外，在服药过程中要避免食用辛辣、油腻、生冷一级不易消化的食物，以免影响药物的作用，从而延长治疗的时间。
应观察小儿有无发热，腹痛，呕吐及腹泻次数，性质及量等，有无流涕，鼻塞，咳嗽，咳痰，声音嘶哑等，注意有无小便少等脱水情况，注意有无烦躁或精神差等.及时告诉医生.除按规范治疗外，日常可注意好好照顾宝宝，按照医生嘱咐，喂养饮食，一般清淡易消化，每次量不要太多，尽量多喂几次.疾病一般都有一定的病程，也不要太焦虑，但如出现病情变化，应及时注意到，多与医生沟通。
胃肠道功能不好与饮食习惯有关，需要进行饮食调理，给孩子生活规律，一日三餐按时定量进食，多进食水果蔬菜及易消化的粥类，汤类，避免吃油炸，烧烤，辛辣刺激食物。但如果是急性胃肠炎，有可能会出现上吐下泻，这个时候要赶紧带着孩子去医院，有可能是食物中毒，或者是吃坏的东西的。
肠胃炎患者会失眠。
一方面是肠胃炎，导致身体不适，出现睡眠障碍的现象，另一方面也是身体本身植物神经功能紊乱的原因。目前主要是尽快应用一些消炎药，配合保护胃肠黏膜的药物，也配合一些益生菌，促进肠胃炎尽快恢复改善失眠的情况。然后就是做好饮食，尽量流质饮食，不吃任何酸辣食物。同时也可以配合应用一些安神补脑的药物来调理失眠。
