甲状腺囊肿属于良性疾病，当囊肿较小时，对人体的身体健康没有影响，一般不需要特殊治疗，定期进行甲状腺彩超，甲状腺功能检查等随访。如果囊肿持续增大，出现压迫症状，或者疑有癌变，应择期慎重考虑手术治疗，术后长期以甲状腺激素替代。
甲状腺囊肿一般不严重，但囊肿极有可能产生一定的压迫症状。
甲状腺囊肿是甲状腺最常见的良性疾病之一，一般无临床症状，无需特殊处理，应保持舒适，避免紧张焦虑，定期观察。如甲状腺功能减退，需口服激素药，定期复查甲状腺功能，调整用药剂量。甲状腺囊肿直径超过3cm、短时间快速增大引起疼痛、压迫气管神经引起呼吸困难、不排除声音嘶哑和甲状腺癌的情况下，应考虑手术处理，手术在全麻下进行。根据术中快速病理结果确定最终手术方式，良性病变需考虑局部切除，甲状腺癌需考虑甲状腺癌根治术和区域淋巴结清扫。
甲状腺囊肿是发生在甲状腺组织的液体囊性肿瘤，若甲状腺囊肿较小，患者可无任何症状处理的较大，如2-6cm，有压迫症状，外观明显肿块，需治疗。
甲状腺囊肿主要治疗手术，结节小时可穿刺吸出液体，注入无水酒精，或进行射频治疗、消融治疗。大多数患者需用手术治疗，尤其是大囊肿。甲状腺囊肿一般不会自行消退，有时略有缩小，里面的液体可以自行吸收，少数变小，但不能完全消除。患者在治疗上主要治疗手术，尤其是合并暴发性增大病史或合并囊内出血的患者需治疗手术。
一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
小孩甲状腺囊肿是在甲状腺组织中发现液体囊状物。在发病早期基本上是没有任何症状的，除非是囊肿很大对周围器官造成压迫时，会有较明显的感觉。要保证每日足够的热量与营养等的摄入，以满足人体需要。
甲状腺囊肿一般大于3公分以上建议切除手术。
具体应该结合囊肿的性质和症状来决定。患甲状腺囊肿值得重视，首先经过彩色多普勒观察囊肿的具体情况。形态、血流无异常、体积不大、3厘米以内，检查甲功各项指标也在正常范围内，可先不切除，手术给予保守治疗，定期复查。经保守治疗仍不能得到有效控制时，囊肿生长速度快，出现吞咽障碍、呼吸困难、声嘶不适，并有恶变迹象时，应及时行手术切除，避免严重后果。